AT1G55290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.608 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT3G13610.1); Has 8871 Blast hits to 8831 proteins in 1013 species: Archae - 0; Bacteria - 1149; Metazoa - 118; Fungi - 1068; Plants - 4986; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1550 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20626208..20627397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40877.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 361 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNQTLAAQFL TRDQVTNFVV HEGNGVKGLS ETGIKVLPDQ YIQPFEERLI NFHVKEDSDE SIPVIDISNL DEKSVSKAVC DAAEEWGFFQ VINHGVSMEV 101: LENMKTATHR FFGLPVEEKR KFSREKSLST NVRFGTSFSP HAEKALEWKD YLSLFFVSEA EASQLWPDSC RSETLEYMNE TKPLVKKLLR FLGENLNVKE 201: LDKTKESFFM GSTRINLNYY PICPNPELTV GVGRHSDVSS LTILLQDEIG GLHVRSLTTG RWVHVPPISG SLVINIGDAM QIMSNGRYKS VEHRVLANGS 301: YNRISVPIFV SPKPESVIGP LLEVIENGEK PVYKDILYTD YVKHFFRKAH DGKKTIDFAN I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)