AT5G66020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphoinositide phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Mutants in this gene are unable to express female sterility in response to beta-aminobutyric acid, as wild type plants do. non-consensus AT donor splice site at exon 7, TA donor splice site at exon 10, AT acceptor splice at exon 13. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SUPPRESSOR OF ACTIN 1B (ATSAC1B); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Synaptojanin, N-terminal (InterPro:IPR002013); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphoinositide phosphatase family protein (TAIR:AT3G51460.1); Has 1740 Blast hits to 1632 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 569; Fungi - 574; Plants - 290; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 307 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26401193..26404691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67629.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 593 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSRLKIHSG LRLWEFPDQY VIEPTDGSSA SCLDISRLDG SMKLIDQVAE CNSLRVPKIR SIFGVVGMLK LLAGSYLVVV TESESVGSFL GHPIYKINSL 101: KFLPCDHSLE NPHEEQKKME TDDYSRLLSV AERTTGLYFS YEINLTLTAQ RLHDLGDESK LLPLWRQAEP RFLWNNYMLE VLIDNKLDQF LLPVIQGSFH 201: SFQTAIGRDI VDITLIARRC SRRNGTRMWR RGADPDGYVA NFVETEQIVR MNGYTSSFVQ IRGSMPFMWE QIVDLTYKPK FEIVQPEEAA RIAERHFLDL 301: RKKYGSVLAV DLVNKHGGEG RLSERFAGAM QHITGDDVRY LHFDFHHICG HIHFERLAIL YEQMEDFLEK NGYFLLNEKG EKMKEQLGIV RTNCIDCLDR 401: TNVTQSMIGR KLLELQLKRI GVFGAEETIR SHQNFDECYK ILWANHGDDI SIQYSGTPAL KGDFVRYGQR TIQGVLQDGW NALARYYLNN FADGTKQDAI 501: DLVQGHYIVA VSRDMAPVPR KRGLEAVANF PVALTVILIS FWFATMSVKQ VGSGYKHLLF SLVWAGISVA VAALVRANGR IFCNRPSLHK PRS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)