AT5G09360.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.652 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 14 (LAC14); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lignin catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: central cell, fruit; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 12 (TAIR:AT5G05390.1); Has 9817 Blast hits to 8551 proteins in 1490 species: Archae - 32; Bacteria - 4030; Metazoa - 479; Fungi - 3363; Plants - 1557; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 356 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2906426..2908658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64882.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 569 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFKLNIPNT IIKTLQTIVF FLFVLLAFQI AEAEIHHHTF KIKSKAYTRL CNTNKILTVN GEFPGPTLKA YRGDKLIVNV INNANYNITL HWHGARQIRN 101: PWSDGPEYVT QCPIRPGESY VYRIDLKVEE GTIWWHAHSQ WARATVHGAF IVYPKRGSSY PFPKPHREIP LILGEWWKKE NIMHIPGKAN KTGGEPAISD 201: SYTINGQPGY LYPCSKPETF KITVVRGRRY LLRIINAVMD EELFFAIANH TLTVVAKDGF YLKHFKSDYL MITPGQSMDV LLHANQRPNH YFVAARAYSS 301: AFGAGFDKTT TTAILQYKGD TLNRIKPILP YLPPYNRTEA STRFTNQFRS QRPVNVPVKI NTRLLYAISV NLMNCSDDRP CTGPFGKRFS SSINNISFVN 401: PSVDILRAYY RHIGGVFQED FPRNPPTKFN YTGENLPFPT RFGTKVVVLD YNSSVELILQ GTTVWASNIH PIHLHGYNFY VVGSGFGNFD RRKDPLRYNL 501: VDPPEETTVG VPRNGWTAVR FVANNPGVWL LHCHIERHAT WGMNTVFIVK DGPTKSSRMV KPPPDLPSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)