AT1G73270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 6 (scpl6); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 3 (TAIR:AT1G73280.1); Has 3982 Blast hits to 3889 proteins in 444 species: Archae - 0; Bacteria - 469; Metazoa - 638; Fungi - 830; Plants - 1631; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 414 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27549021..27552517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51729.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 452 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANDYISFVF KSLLLLIHLV FLGQHHVDSA SVVKSLPGFE GPLPFELETG YIGVGEEEEV QLFYYFIKSE RNPKEDPLLL WLTGGPGCSA ISGLLYENGP 101: LTMKLDVYNG TLPSLVSTTY SWTKNSSMIF LDQPVGTGFS YSRTELFNKP SDTGEAKRIH EFLQKWLGKH QEFSSNPFYV GGDSYSGITV PATVQEISKG 201: NYQCCKPPIN LQGYMLGNPI TDSKIDGNSQ IPYAHGMALI SDELYESLKR ICKGEYEHVD PYNTECLKLL EEFNECTSKL YRSHILYPLC EMTNPDCYIY 301: RYSLSHYWVN DETVRKALQI NKESIREWKR CDWSKPYTKD IISSVPYHMN NSINGYRSLI FSGDHDFEVP LIGTQVWIKS LNYAIVDKWR PWMINNQVAG 401: YTRTYANKMT FATVKGGGHT AEYKPDETFI MFQRWINGQA LYGKVKLLQK TE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)