AT1G29870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tRNA synthetase class II (G, H, P and S) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
tRNA synthetase class II (G, H, P and S) family protein; FUNCTIONS IN: glycine-tRNA ligase activity, nucleotide binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: translation, tRNA aminoacylation for protein translation, glycyl-tRNA aminoacylation; LOCATED IN: cytoplasm; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ H/ P/ S), conserved domain (InterPro:IPR002314), Glycyl-tRNA synthetase, alpha2 dimer (InterPro:IPR002315), Glycyl-tRNA synthetase, alpha2 dimer, C-terminal (InterPro:IPR018160), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycyl-tRNA synthetase / glycine--tRNA ligase (TAIR:AT1G29880.1); Has 3697 Blast hits to 3682 proteins in 1158 species: Archae - 221; Bacteria - 1642; Metazoa - 211; Fungi - 175; Plants - 66; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1382 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10456902..10458782 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52170.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 463 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDAPEQSFLR EKSLAVEDQE LAVGTLEDSH AAKPETNAAI ELPNKSKPEK SAVEKDREDF REAVVKTLDR LLFVHKSFDI YHGVAGLYDF GPHGRTVELN 101: ILSLWRKCFV DEEDMMEVAC TALTPEAVFN ASGHVKKFTD LMVKDEVDGA FHRADHLVKS YCENRKKDPT ISAENAAELD KVIAHVEDLS AEELGGVWNH 201: CSTAPVTKNP LSHPPRPFNL MFQTSFGASG SLIGYLRPET AQGSFCNFKD YYNLNGRKLP FAVAQVGRVF RNEISPRQGL LRTREFTLAE IEHFVHPEHK 301: SHSKFSDVAK LELLMFPREE QEKPGQFAKR LCLGEAVAKG HVNSETLGFF IGRVYLFLIR LGIDKERLRF RHHLANEMAH YATDCWDAEI ECSYGWIECV 401: GIADRSDYDL RAHSEKSGHA LVAQEKLAEP IEVEKLAITP EMKELGPAFK GNQKNVVEAL EVD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)