AT1G22670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.633 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein; FUNCTIONS IN: peptidase activity, zinc ion binding; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein (TAIR:AT1G71980.1); Has 8678 Blast hits to 8642 proteins in 327 species: Archae - 0; Bacteria - 157; Metazoa - 2256; Fungi - 639; Plants - 4696; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 921 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8021854..8023516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46259.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLVVLLILT LLLFIVSYVV DAGQVILVDS NITRSFVDME ADFSPSVTTV ETGVVYVAEP LNACRNLRNK PEQSPYGTSP LVLIIRGGCS FEYKVRNAQR 101: SGFKAAIVYD NVDRNFLSAM GGDSDGIKIQ AVFVMKRAGE MLKKYAGSEE MEVMLVPPNT EDSVWSLYAS IALILSLAIF CVMVTCVFFY RYCSTIRNST 201: SQFNGMCRRT VKAMPSVTFT CAKIDNTTGF SCAICLEDYI VGDKLRVLPC SHKFHVACVD SWLISWRTFC PVCKRDARTT ADEPLATEST PFLSSSIATS 301: SLVCIDSPPL GSSVSFSPAH VSSSFIHQFV RSSPMNGSRI SENLRRQASP LQSSSQRSHL SMKSSHSLGY STMSPLNAMG MSPYRPYPSN ASPGLFSSTN 401: HLLSNYTANT FSHFASAHSL PD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)