AT5G36790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, phosphatase activity, phosphoglycolate phosphatase activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: apoplast, nucleus, chloroplast stroma, vacuole, cytoplasm; EXPRESSED IN: fruit, guard cell, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA (InterPro:IPR006357), 2-phosphoglycolate phosphatase, eukaryotic (InterPro:IPR006349); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-phosphoglycolate phosphatase 1 (TAIR:AT5G36700.4); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:14481229..14483730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39763.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSRSVASAV TPVSSSSLLP NSKPIFCLKT LSGYRSSSFC GGCIRKINHK PLRMTSSNIT PRAMATQQLE NADQLIDSVE TFIFDCDGVI WKGDKLIEGV 101: PETLDMLRAK GKRLVFVTNN STKSRKQYGK KFETLGLNVN EEEIFASSFA AAAYLQSINF PKDKKVYVIG EEGILKELEL AGFQYLGGPD DGKRQIELKP 201: GFLMEHDHDV GAVVVGFDRY FNYYKIQYGT LCIRENPGCL FIATNRDAVT HLTDAQEWAG GGSMVGALVG STQREPLVVG KPSTFMMDYL ADKFGIQKSQ 301: ICMVGDRLDT DILFGQNGGC KTLLVLSGVT SISMLESPEN KIQPDFYTSK ISDFLSPKAA TV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)