AT5G33340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic aspartyl protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with aspartic protease activity (also known as aspartate-type endopeptidase activity). Overexpression of the gene was shown to lead to salicylic acid (SA)-mediated disease resistance upon exposure to the pathogen Pseudomonas syringae. Moreover, overexpression of this gene led to the upregulation of two pathogenesis-related genes PR1 and PR2. This upregulation was no longer observed in transgenic lines expressing the bacterial NahG gene encoding a hydroxylase suppressing SA accumulation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CONSTITUTIVE DISEASE RESISTANCE 1 (CDR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic aspartyl protease family protein (TAIR:AT1G64830.1); Has 3792 Blast hits to 3768 proteins in 339 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 807; Fungi - 843; Plants - 1930; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 212 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:12594474..12595787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46821.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLFSSVLL SLCLLSSLFL SNANAKPKLG FTADLIHRDS PKSPFYNPME TSSQRLRNAI HRSVNRVFHF TEKDNTPQPQ IDLTSNSGEY LMNVSIGTPP 101: FPIMAIADTG SDLLWTQCAP CDDCYTQVDP LFDPKTSSTY KDVSCSSSQC TALENQASCS TNDNTCSYSL SYGDNSYTKG NIAVDTLTLG SSDTRPMQLK 201: NIIIGCGHNN AGTFNKKGSG IVGLGGGPVS LIKQLGDSID GKFSYCLVPL TSKKDQTSKI NFGTNAIVSG SGVVSTPLIA KASQETFYYL TLKSISVGSK 301: QIQYSGSDSE SSEGNIIIDS GTTLTLLPTE FYSELEDAVA SSIDAEKKQD PQSGLSLCYS ATGDLKVPVI TMHFDGADVK LDSSNAFVQV SEDLVCFAFR 401: GSPSFSIYGN VAQMNFLVGY DTVSKTVSFK PTDCAKM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)