AT5G19360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calcium-dependent protein kinase 34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Calcium Dependent Protein Kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calcium-dependent protein kinase 34 (CPK34); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: regulation of pollen tube growth, protein amino acid phosphorylation, N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: plasma membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), EF-hand (InterPro:IPR018248), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Calcium-dependent protein kinase (InterPro:IPR020642), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcium-dependent protein kinase 17 (TAIR:AT5G12180.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6521716..6523780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58177.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 523 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNCCSHGRD SDDNKEEPRP ENGGGGVGAA EASVRASKHP PASPPPATKQ GPIGPVLGRP MEDVKSSYTL GKELGRGQFG VTHLCTQKAT GLQFACKTIA 101: KRKLVNKEDI EDVRREVQIM HHLTGQPNIV ELKGAYEDKH SVHLVMELCA GGELFDRIIA KGHYSERAAA SLLRTIVQII HTCHSMGVIH RDLKPENFLL 201: LSKDENSPLK ATDFGLSVFY KPGEVFKDIV GSAYYIAPEV LRRKYGPEAD IWSIGVMLYI LLCGVPPFWA ESENGIFNAI LSGQVDFSSD PWPVISPQAK 301: DLVRKMLNSD PKQRLTAAQV LNHPWIKEDG EAPDVPLDNA VMSRLKQFKA MNNFKKVALR VIAGCLSEEE IMGLKEMFKG MDTDNSGTIT LEELRQGLAK 401: QGTRLSEYEV QQLMEAADAD GNGTIDYGEF IAATMHINRL DREEHLYSAF QHFDKDNSGY ITTEELEQAL REFGMNDGRD IKEIISEVDG DNDGRINYEE 501: FVAMMRKGNP DPNPKKRREL SFK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)