AT5G16090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
INVOLVED IN: nucleotide-excision repair; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), UV excision repair protein Rad23 (InterPro:IPR004806), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955), UBA-like (InterPro:IPR009060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rad23 UV excision repair protein family (TAIR:AT3G02540.1); Has 1311 Blast hits to 954 proteins in 240 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 634; Fungi - 179; Plants - 321; Viruses - 27; Other Eukaryotes - 150 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5255797..5257230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19545.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 171 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKIIVKTLKG IRFEIEVKPN DSVAEVKKNI ETVMGASEYP AAQQILIHKR EKLRDETTME ANKVFDKSVI AIIITKGCLE EMEKQNPPLF QMIRHNSAGF 101: VPVLNKESFE RDNELAQPEE DLLQLQVTAV DDEAINRLEA MGFERRVVLE VFLACNKNEQ LAANFLLDHI H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)