AT4G20900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.608 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
ms5 mutants are male sterile, pollen tetrads undergo an extra round of division after meiosis II without chromosome replication, resulting in chromosome abnormalities. Gene product has some similarity to SCP1, a rat synaptonemal complex protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MALE-STERILE 5 (MS5); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT5G44330.1); Has 181 Blast hits to 179 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 166; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11184103..11185844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51060.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 450 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCPCVERRAP PGVYYTPPPA RTSDHVAAMP MTERRRPPYS CSSSSERRDP FHIVHKVPSG DSPYVRAKHA QLIDKDPNRA ISLFWTAINA GDRVDSALKD 101: MAVVMKQLGR SDEGIEAIKS FRYLCSFESQ DSIDNLLLEL YKKSGRIEEE AVLLEHKLQT LEQGMGFGGR VSRAKRVQGK HVIMTIEQEK ARILGNLGWV 201: HLQLHNYGIA EQHYRFGFVT KIPNIDYCLV MRALGLERDK NKLCNLAICL MRMSRIPEAK SLLDDVRDSP AESECGDEPF AKSYDRAVEM LAEIESKKPE 301: ADLSEKFYAG CSFVNRMKEN IAPGTANKNY SDVSSSPASV RPNSAGLYTQ PRRCRLFEEE TRGAARKLLF GKPQPFGSEQ MKILERGEEE PMKRKKLDQN 401: MIQYLHEFVK DTADGPKSES KKSWADIAEE EEAEEEEEER LQGELKTAEM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)