AT4G15100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 30 (scpl30); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root, flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 31 (TAIR:AT1G11080.2); Has 3290 Blast hits to 3237 proteins in 263 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 622; Fungi - 829; Plants - 1512; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 315 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8625855..8629531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55261.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 488 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNHTKSFSS LLISLWFTAL LILVEMVSCA RQHRRSFLAK EADLVTNLPG QPDVSFKHYA GYVPVDKSNG RALFYWFFEA MDLPKEKPLV LWLNGGPGCS 101: SVGYGATQEI GPFLADTNEK GLIFNPYAWN KEVNMLFLES PVGVGFSYSN TSSDYLNLDD HFAKKDAYTF LCNWFEKFPE HKGNEFYIAG ESYAGIYVPE 201: LAELVYDNNE KNNDLSLHIN LKGFLLGNPD ISNPDDWRGW VDYAWSHAVI SDETHRNINR LCNFSSDDVW NNDKCNEAIA EVDKQYNEID IYSLYTSACK 301: GDSAKSSYFA SAQFKTNYHI SSKRMPPRRL AGYDPCLDDY VKVYYNRADV QKALHASDGV NLKNWSICNM EIFHNWTYVV QSVLPIYQKL IAGGLRIWVY 401: SGDTDGCIPV LGTRYSLNAL GLPIKTAWRP WYHEKQVSGW VQEYDGLTFA TFRGAGHTVP SFKPSSSLAF ISAFVKGVPL SSSRVETN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)