AT5G07130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 13 (LAC13); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lignin catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 3 (TAIR:AT2G30210.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2210567..2212525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63148.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 569 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEQLRPFFLL LAIFVASLVN AEVHFHEFVI QETPVKRLCR VHNSITVNGQ FPGPTLEVRN GDSLVITAIN KARYNISLHW HGIRQMRNPW ADGPEYITQC 101: PIQPGGSYTY RFTMEDQEGT LWWHAHSRWL RATVYGALII RPPLSSPHYP FPVIPKREIT LLLGEWWDRN PMDVLNLAQF TGAAPNISDA FTINGQPGDL 201: YRCSSQETLR FLVGSGEIVL LRVINSALNQ ELFFGVANHK LTVVAADASY TKPFSTNVIM LGPGQTTDVL LTADQPPAHY YMAAHAYNSA NAAFDNTTTT 301: AILKYKDASC VTLQAKSQAR AIPAQLPGFN DTATAAAFTA QMKSPSKVKV PLEIDENLFF TVGLGLFNCP TPNTQRCQGP NGTRFTASIN NVSFVFPKQN 401: SIMQAYYQGT PTGVFTTDFP PTPPVTFDYT GNVSRGLWQP TRGTKAYKLK FNSQVQIILQ DTSIVTTENH PMHLHGYEFY VVGTGVGNFN PNTDTSSFNL 501: IDPPRRNTIG TPPGGWVAIR FVANNPGAWL MHCHIDSHIF WGLAMVFLVE NGEGHLQSVQ SPPLDLPQC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)