AT5G67385.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phototropic-responsive NPH3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Phototropic-responsive NPH3 family protein; FUNCTIONS IN: signal transducer activity; INVOLVED IN: response to light stimulus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NPH3 (InterPro:IPR004249), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phototropic-responsive NPH3 family protein (TAIR:AT3G49970.1); Has 920 Blast hits to 899 proteins in 47 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 39; Fungi - 6; Plants - 863; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26884754..26887083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67562.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 604 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAKKKDLLS SAMKRTSEWI SSQEVSSDVT VHVGEASFSL HKFPLMSKCG FIKKLVSESS KDSDSTVIKI PDIPGGSEAF ELAAKFCYGI NFDMSTENIA 101: MLRCAAEYLE MTEEHSVENL VVRAEAYLNE VALKSLSSSI TVLHKSEKLL PIAERVKLVS RCIDAIAYMT CQESHFCSPS SSNSGNNEVV VQQQSKQPVV 201: DWWAEDLTVL RIDSFQRVLI AMMARGFKQY GLGPVLMLYA QKSLRGLEIF GKGMKKIEPK QEHEKRVILE TIVSLLPREK NAMSVSFLSM LLRAAIFLET 301: TVACRLDLEN RMGLQLGQAV LDDLLIPSYS FTGDHSMFDT DTVQRILMNY LEFEVEGVRL SNNGVDLAGD MERVGKLLEN YMAEIASDRN VSLQKFIGLA 401: ELIPEQSRVT EDGMYRAVDI YLKAHPNMSD VERKKVCSLM DCQKLSREAC AHAAQNDRLP VQTIVQVLYY EQQRLRGEVT NDSDSPAPPP PQPAAVLPPK 501: LSSYTDELSK LKRENQDLKL ELLKMKMKLK EFEKESEKKT SSSTISTNPS SPISTASTGK PPLPRKSFIN SVSKKLGKLN PFSITPYNGR GRTKPPKDRR 601: HSIS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)