AT4G28890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root stele, root endodermis, hypocotyl, root, primary root differentiation zone; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G20030.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14256437..14257735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49376.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 432 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYQIFFFFLP LLHSYASAQT PPPFRNGDLV ANFEPSLAVV TGVLAIMFAL TFVLLVYAKC CHIDLRSGSG DRRRHDRRLR QGIFFNRSTA SSDRFSGLDK 101: TAIESLPLFR FSALKGSKQG LDCSVCLSKF ESVEILRLLP KCRHAFHIGC IDQWLEQHAT CPLCRDRVSM EEDSSVLTNG NSFRFLNQSE IREDSSLELY 201: IEREEEEERI HREELSGSSR FSIGESFRKI LKLGNKEKTL LDEHVNDKDE KKLMHKFNHR IVVSDVVFKN RWSNVSSSDL MFLNSEMVNS ISSERFSSLD 301: HVKRGDEEDQ IGILRIKEEM EAKRMLENKL TSMTTMFSSE NGDSGSKSRS VMIEPGRRSV SDITAVPRLS ISIHGDCSGS AAETASALQN GGNETEERRR 401: RLWLPIARKT AQWFANREKR SQINTTHQHF DV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)