AT4G27340.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Met-10+ like family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Met-10+ like family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function Met10 (InterPro:IPR003402); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein (TAIR:AT3G56120.1); Has 1666 Blast hits to 1640 proteins in 617 species: Archae - 405; Bacteria - 591; Metazoa - 172; Fungi - 146; Plants - 123; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 229 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13687366..13690370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70573.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 619 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSKLSLFRA NSLPFPVISS YSARFILKPY PKPKTLIFCV FSSNLSSTTF PYGPSLLKGK KPVLDDIRLA SIGRDRDAHR GKIGEFDESI EKDVLLNEDE 101: FTRVFEISAI RVPAKDCFAL ENRLRGHLLN WPRIRNIARV PGDEIEEDVV KLLGRETDEE EEDEDSVVDS VNRRIRGKAE GDGERLSSVL HRDKLARTFN 201: STGYLKFRNL AKISRPKRKR KTERTREGKE KEIASRRNEM AVVEVVETRG GEEDFEGLLG EGYGSRGRWR GSTRLLLLDE KYSGEEVQDL PEAIKVLFAE 301: AKMADASLSF ELVKCRLTLF YDYWPMIEIL EAVLPKGMIV PSAFEMVGHI AHLNLRDEHL PYKRLIAKVV LDKNQPKIQT VVNKIDPIHN DFRTMQLEVL 401: AGNHSLVTLV VENGLRFHVD LARVYWNSKL GTERQRLLLG FDQNDVVCDV FAGVGPIALA AARIVKRVYA NDLNPHAVEF MEQNSVVNKL EKRIEIFNMD 501: GRRFIKAMFS SEKGQKVTQV VMNLPKDAAE SLDAFRGVYN DRHRDEGLSF PTIHVYGFSK ASDPEFDFHE RIRIALSEVA VDVKMRKVRL VAPGKWMLCA 601: SFILPKNVAF SRKNLSYVD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)