AT4G25000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha-amylase-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Predicted to be secreted protein based on signalP prediction. Involved in starch mobilization. Mutants are defective in alpha-amylase activity. (Note: AMY1 has been found in the literature to be referred to as AMY3, which is not to be confused with AMY3/At1g69830). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha-amylase-like (AMY1); FUNCTIONS IN: alpha-amylase activity; INVOLVED IN: response to gibberellin stimulus, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: extracellular region, apoplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase family 13 (InterPro:IPR006046), Alpha-amylase, plant (InterPro:IPR013775), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781), Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain (InterPro:IPR006047), Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet (InterPro:IPR012850); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-amylase-like 2 (TAIR:AT1G76130.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12852109..12853825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47380.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 423 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSLHTLLFS SLLFFIVFPT FTFSSTLLFQ SFNWESWKKE GGFYNSLHNS IDDIANAGIT HLWLPPPSQS VAPEGYLPGK LYDLNSSKYG SEAELKSLIK 101: ALNQKGIKAL ADIVINHRTA ERKDDKCGYC YFEGGTSDDR LDWDPSFVCR NDPKFPGTGN LDTGGDFDGA PDIDHLNPRV QKELSEWMNW LKTEIGFHGW 201: RFDYVRGYAS SITKLYVQNT SPDFAVGEKW DDMKYGGDGK LDYDQNEHRS GLKQWIEEAG GGVLTAFDFT TKGILQSAVK GELWRLKDSQ GKPPGMIGIM 301: PGNAVTFIDN HDTFRTWVFP SDKVLLGYVY ILTHPGTPCI FYNHYIEWGL KESISKLVAI RNKNGIGSTS SVTIKAAEAD LYLAMIDDKV IMKIGPKQDV 401: GTLVPSNFAL AYSGLDFAVW EKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)