AT4G23210.3
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.545 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a Cysteine-rich receptor-like kinase (CRK13). Overexpression of CRK13 leads to hypersensitive response cell death, and induces defense against pathogens by causing increased accumulation of salicylic acid. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 13 (CRK13); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: defense response to bacterium, response to molecule of bacterial origin, plant-type hypersensitive response; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 22 (TAIR:AT4G23300.1); Has 115691 Blast hits to 114357 proteins in 4390 species: Archae - 92; Bacteria - 13299; Metazoa - 42539; Fungi - 9809; Plants - 32940; Viruses - 418; Other Eukaryotes - 16594 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12148892..12151418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75299.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 673 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKQRSLLSIL CFILLASGVA SVSAQTCIEN RKYFTPNGTY DSNRRLILSS LPNNTASRDG FYYGSIGEEQ DRVYALGMCI PKSTPSDCSN CIKGAAGWLI 101: QDCVNQTDAY YWALDPTLCL VRYSNISFSG SAAFWEIEPQ YLVLNTATIA SNLTEFKTIW EDLTSRTITA ASAARSTPSS SDNHYRVDFA NLTKFQNIYA 201: LMQCTPDISS DECNNCLQRG VLEYQSCCGN NTGGYVMRPI CFFRWQLFTF SKAFHNITLA TTPPLSPPPL QRPVVASQPP SADNRDKKRD NSSGKISMKT 301: ILAIVVVGIV ILIIISGILA RRFARKEKPY QEVELNQTGI TSVRSLQYKF KTIETATNNF SERLGHGGSG HVFKGRLPDG KEIAVKRLSE KTEQSKKEFK 401: NEVVLVAKLQ HRNLVRLLGF SVKGEEKIIV YEYLPNRSLD YILFDPTKQG ELDWKKRYKI IGGTARGILY LHQDSQPTII HRDLKAGNIL LDAHMNPKVA 501: DFGTARIFGM DQSVAITANA AGTPGYMAPE YMELGEFSMK SDVYSYGVLV LEIICGKRNT SFSSPVQNFV TYVWRLWKSG TPLNLVDATI AENYKSEEVI 601: RCIHIALLCV QEEPTDRPDF SIIMSMLTSN SLILPVPKPP PSFIPGRPNQ STTRPSSQNI NDGRWSLLKM MFH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)