AT3G50920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphatidic acid phosphatase (PAP2) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Phosphatidic acid phosphatase (PAP2) family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase (InterPro:IPR000326); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphatidic acid phosphatase (PAP2) family protein (TAIR:AT5G66450.1); Has 367 Blast hits to 367 proteins in 161 species: Archae - 0; Bacteria - 52; Metazoa - 96; Fungi - 101; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 38 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18922403..18923533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30597.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 279 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASSSLLLL LHCPTCNFYF DSSSYLKRSR LSSYSSIISR GSPLFVSSFG SMTVKRFSSR VGSRSNDGNE QFGALEQESF INNSSEIRKD LVTGGGIEAI 101: VNRLSKWVVS VLFGSIILLR HDGAALWAVI GSISNSALSV VLKRILNQER PTTTLRSDPG MPSSHAQSIS FISVFAVLSV MEWLGTNGVS LFLSGLILAL 201: GSYFIRLRVS QKLHTSSQVV VGAIVGSLFC ILWYTMWNSL LREAFEASLL VQISVFLFAA TFALAFAAYV VLNWFKDER |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)