AT5G03160.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of mamallian P58IPK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
J domain protein localized in ER lumen. Can partially compensate for the growth defect in jem1 scj1 mutant yeast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of mamallian P58IPK (P58IPK); FUNCTIONS IN: heat shock protein binding, binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, plasma membrane, endoplasmic reticulum lumen; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide TPR2 (InterPro:IPR013105), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), Heat shock protein DnaJ, conserved site (InterPro:IPR018253); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAJ heat shock family protein (TAIR:AT2G20560.1); Has 32693 Blast hits to 30813 proteins in 3428 species: Archae - 634; Bacteria - 13349; Metazoa - 5479; Fungi - 2550; Plants - 3479; Viruses - 15; Other Eukaryotes - 7187 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:750286..752671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53692.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 482 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLFRVWSGM DFLAWRGMAY TLLLLNFVFA CQLLLLQPLV SALDGQSVDA AELFERASQS IKVKRYSDAL DDLNAAIEAD PALSEAYFKR ASVLRHFCRY 101: EDSENSYQKY LEFKSGDSNA EKELSQLHQA KSALETASTL YESKDIAKAL EFVDKVVLVF SPACSKAKLL KVKLLMVSKD YSGAISETGY ILKEDENNLE 201: ALLLRGRAYY YLADHDIAQR HYQKGLRLDP EHSELKKAYF GLKKLLKKTK SAEDNANKGK LRVSAEEYKE AIALDPEHTA NNVHLYLGLC KVSVRLGRGK 301: DGLNSCNEAL NIDAELIEAL HQRGEAKLLL EDWEGAVEDL KQAAQNSQDM EIHESLGKAE KALKMSKRKD WYKILGISRT ASISEIKKAY KKLALQWHPD 401: KNVGNREEAE NKFREIAAAY EILGDDDKRA RFDRGEDLED MGGGGGGGYN PFHGGGGGGQ QYTFHFEGGF PGGGGGFGGF GF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)