AT3G49170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 2261 (EMB2261); INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT3G57430.1); Has 48732 Blast hits to 14187 proteins in 273 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 205; Fungi - 147; Plants - 47588; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 776 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18226954..18229600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95500.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 850 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMISFSFPS PAKLPIKSQP SVSNRINVAD RLILRHLNAG DLRGAVSALD LMARDGIRPM DSVTFSSLLK SCIRARDFRL GKLVHARLIE FDIEPDSVLY 101: NSLISLYSKS GDSAKAEDVF ETMRRFGKRD VVSWSAMMAC YGNNGRELDA IKVFVEFLEL GLVPNDYCYT AVIRACSNSD FVGVGRVTLG FLMKTGHFES 201: DVCVGCSLID MFVKGENSFE NAYKVFDKMS ELNVVTWTLM ITRCMQMGFP REAIRFFLDM VLSGFESDKF TLSSVFSACA ELENLSLGKQ LHSWAIRSGL 301: VDDVECSLVD MYAKCSADGS VDDCRKVFDR MEDHSVMSWT ALITGYMKNC NLATEAINLF SEMITQGHVE PNHFTFSSAF KACGNLSDPR VGKQVLGQAF 401: KRGLASNSSV ANSVISMFVK SDRMEDAQRA FESLSEKNLV SYNTFLDGTC RNLNFEQAFK LLSEITEREL GVSAFTFASL LSGVANVGSI RKGEQIHSQV 501: VKLGLSCNQP VCNALISMYS KCGSIDTASR VFNFMENRNV ISWTSMITGF AKHGFAIRVL ETFNQMIEEG VKPNEVTYVA ILSACSHVGL VSEGWRHFNS 601: MYEDHKIKPK MEHYACMVDL LCRAGLLTDA FEFINTMPFQ ADVLVWRTFL GACRVHSNTE LGKLAARKIL ELDPNEPAAY IQLSNIYACA GKWEESTEMR 701: RKMKERNLVK EGGCSWIEVG DKIHKFYVGD TAHPNAHQIY DELDRLITEI KRCGYVPDTD LVLHKLEEEN DEAEKERLLY QHSEKIAVAF GLISTSKSRP 801: VRVFKNLRVC GDCHNAMKYI STVSGREIVL RDLNRFHHFK DGKCSCNDYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)