AT4G35130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT4G18750.1); Has 46569 Blast hits to 13927 proteins in 247 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 46; Fungi - 110; Plants - 45942; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 467 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16721084..16723498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 90790.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 804 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATLLSQCY RIYNSDACKC VSSENHQTTG KRNGNRNLEF DSGISKPARL VLRDRYKVTK QVNDPALTRA LRGFADSRLM EDALQLFDEM NKADAFLWNV 101: MIKGFTSCGL YIEAVQFYSR MVFAGVKADT FTYPFVIKSV AGISSLEEGK KIHAMVIKLG FVSDVYVCNS LISLYMKLGC AWDAEKVFEE MPERDIVSWN 201: SMISGYLALG DGFSSLMLFK EMLKCGFKPD RFSTMSALGA CSHVYSPKMG KEIHCHAVRS RIETGDVMVM TSILDMYSKY GEVSYAERIF NGMIQRNIVA 301: WNVMIGCYAR NGRVTDAFLC FQKMSEQNGL QPDVITSINL LPASAILEGR TIHGYAMRRG FLPHMVLETA LIDMYGECGQ LKSAEVIFDR MAEKNVISWN 401: SIIAAYVQNG KNYSALELFQ ELWDSSLVPD STTIASILPA YAESLSLSEG REIHAYIVKS RYWSNTIILN SLVHMYAMCG DLEDARKCFN HILLKDVVSW 501: NSIIMAYAVH GFGRISVWLF SEMIASRVNP NKSTFASLLA ACSISGMVDE GWEYFESMKR EYGIDPGIEH YGCMLDLIGR TGNFSAAKRF LEEMPFVPTA 601: RIWGSLLNAS RNHKDITIAE FAAEQIFKME HDNTGCYVLL LNMYAEAGRW EDVNRIKLLM ESKGISRTSS RSTVEAKGKS HVFTNGDRSH VATNKIYEVL 701: DVVSRMVGEE DIYVHCVSRL RPETLVKSRS NSPRRHSVRL ATCFGLISTE TGRRVTVRNN TRICRKCHEF LEKASRLTRR EIVVGDSKIF HHFSNGRCSC 801: GNYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)