AT3G14070.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.930 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cation exchanger 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in cation (K, Na and Mn) homeostasis and transport | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cation exchanger 9 (CAX9); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sodium/calcium exchanger membrane region (InterPro:IPR004837); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cation calcium exchanger 4 (TAIR:AT1G54115.1); Has 3863 Blast hits to 3216 proteins in 856 species: Archae - 67; Bacteria - 789; Metazoa - 1939; Fungi - 299; Plants - 225; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 544 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4661143..4663074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70160.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 643 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAVSFLYSS KTPKFRGVFN GICALVLFCF FFDRSELLRN PLLRNASFVN GGSGSTSGGI TQFMVIRRNA RQIETNGSGN NSSLSSSSTV LCSGLHKHMG 101: YADQCEFLKA NPICSPDGFF DYLSFFYCSC RDFSILGYMM LGVWLVALFY LLGNTAADYF CCSLEKLSKL LRLPPTVAGV TLLPLGNGAP DVFASIAAFV 201: GTDKGEVGLN SVLGGAVFVT SVVVGIVSLC VADKEVKIDK NCFIRDLSFF LFSLVSLLVI LMVGRVTVRI AIAFVSIYVV YAFLVAANVI LRKHAKRFKL 301: EALTPLLPMQ GSVFSPSVGE DMPMNTPLIE TETEDGPPRL QSLPQWMWAS NVAIYSNHFA KVSVHDEDRP PWGWIDDTAE VESSSCTKFT SLLEIPLTIP 401: RRLTIPSVEE DTWSKTYAVA SVSLAPVLLA SLWSSQDDVS LQACGVAYFF SVVIGSTLGF LAYKNTEPDH PPRRFLIPWV LGGFIMSIVW FYMIANELVA 501: LLVTFGEIYG INPSILALTV LAWGNSMGDL VSNIALTMNG GDGVQIALSG CYAGPMFNTL VGLGMSMLFG AWSKSPDTYM LPEDKSLFYT LGFLVLGLVW 601: AMVILPRNDM QPSRTLGVGL IAIYLIFVTF RLSCAMGFIP WAA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)