AT1G77080.4
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : K-box region and MADS-box transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
MADS domain protein - flowering regulator that is closely related to FLC. Deletion of this locus in Nd ecotype is correlated with earlier flowering in short days suggesting function as a negative regulator of flowering. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MADS AFFECTING FLOWERING 1 (MAF1); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: photoperiodism, flowering, negative regulation of flower development, regulation of transcription, DNA-dependent, regulation of flower development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: K-box region and MADS-box transcription factor family protein (TAIR:AT5G65060.1); Has 6797 Blast hits to 6793 proteins in 852 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 628; Fungi - 302; Plants - 5793; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 74 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28955679..28959845 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22120.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 196 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRRKIEIKR IENKSSRQVT FSKRRNGLID KARQLSILCE SSVAVVVVSA SGKLYDSSSG DDISKIIDRY EIQHADELRA LDLEEKIQNY LPHKELLETV 101: QSKLEEPNVD NVSVDSLISL EEQLETALSV SRARKAELMM EYIESLKEKE KLLREENQVL ASQMGKNTLL ATDDERGMFP GSSSGNKIPE TLPLLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)