AT1G66960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.749 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Terpenoid cyclases family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Terpenoid cyclases family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, conserved site (InterPro:IPR002365), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Squalene cyclase (InterPro:IPR018333), Prenyltransferase/squalene oxidase (InterPro:IPR001330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lupeol synthase 2 (TAIR:AT1G78960.1); Has 2121 Blast hits to 1981 proteins in 568 species: Archae - 2; Bacteria - 916; Metazoa - 134; Fungi - 247; Plants - 610; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 212 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24985155..24989664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87627.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 763 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWRLKVGEGK GKDPYLFSSN NFVGRQTWEF DPKAGTREER TAVEEARRSF FDNRSRVKPS SDLLWKMQFL KEAKFEQVIP PVKIDGGEAI TYEKATNALR 101: RGVAFLSALQ ASDGHWPGEF TGPLCMLPPL VFCLYITGHL EEVFDAEHRK EMLRYIYCHQ NEDGGWGFHI ESKSIMFTTT LNYICLRILG VGPDGGLENA 201: CKRARQWILS HGGVIYIPCW GKVWLSVLGI YDWSGVNPMP PEIWLLPYFL PIHLGKAFSY TRITYMPISY LYGKKFVGQI TPLIMQLREE LHLQPYEEIN 301: WNKARHLCAK EDKYYPHPLV QDLIWDALHT FVEPLLASWP INKLVRKKAL QVAMKHIHYE DENSHYITIG CIEKNLCMLA CWIDNPDGNH FKKHLSRIPD 401: MMWVAEDGMK MQCFGSQLWM TGFAVQALLA SDPRDETYDV LRRAHDYIKK SQVRDNPSGD FKSMYRHISK GGWTLSDRDH GWQVSDCTAE AAKCCMLLST 501: MPTDITGEKI NLEQLYDSVN LMLSLQSENG GFTAWEPVRA YKWMELMNPT DLFANAMTER EYTECTSAVL QALVIFNQLY PDHRTKEITK SIEKAVQFIE 601: SKQLRDGSWY GSWGICFTYG TWFALCGLAA IGKTYNNCLS MRDGVHFLLN IQNEDGGWGE SYMSCPEQRY IPLEGNRSNV VQTAWAMMAL IHAGQAKRDL 701: IPLHSAAKFI ITSQLENGDF PQQELLGASM STCMLHYSTY KDIFPPWALA EYRKAAFIHH ADL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)