AT1G59720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Pentatricopeptide Repeat Protein containing the DYW motif. Required for editing of multiple plastid transcripts. Endonuclease activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CHLORORESPIRATORY REDUCTION28 (CRR28); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT4G21065.1); Has 31527 Blast hits to 13136 proteins in 216 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 40; Fungi - 37; Plants - 31097; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 353 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21939868..21941784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71963.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 638 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVVRSIIVSP PTTITYYHPM SIGLLVHPLS PHIPPASSPS ASTAGNHHQR IFSLAETCSD MSQLKQLHAF TLRTTYPEEP ATLFLYGKIL QLSSSFSDVN 101: YAFRVFDSIE NHSSFMWNTL IRACAHDVSR KEEAFMLYRK MLERGESSPD KHTFPFVLKA CAYIFGFSEG KQVHCQIVKH GFGGDVYVNN GLIHLYGSCG 201: CLDLARKVFD EMPERSLVSW NSMIDALVRF GEYDSALQLF REMQRSFEPD GYTMQSVLSA CAGLGSLSLG TWAHAFLLRK CDVDVAMDVL VKNSLIEMYC 301: KCGSLRMAEQ VFQGMQKRDL ASWNAMILGF ATHGRAEEAM NFFDRMVDKR ENVRPNSVTF VGLLIACNHR GFVNKGRQYF DMMVRDYCIE PALEHYGCIV 401: DLIARAGYIT EAIDMVMSMP MKPDAVIWRS LLDACCKKGA SVELSEEIAR NIIGTKEDNE SSNGNCSGAY VLLSRVYASA SRWNDVGIVR KLMSEHGIRK 501: EPGCSSIEIN GISHEFFAGD TSHPQTKQIY QQLKVIDDRL RSIGYLPDRS QAPLVDATND GSKEYSLRLH SERLAIAFGL INLPPQTPIR IFKNLRVCND 601: CHEVTKLISK VFNTEIIVRD RVRFHHFKDG SCSCLDYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)