AT1G30680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : toprim domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
toprim domain-containing protein; FUNCTIONS IN: DNA helicase activity, nucleic acid binding, ATP binding; INVOLVED IN: DNA replication, DNA metabolic process; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Toprim domain, subgroup (InterPro:IPR006154), DNA helicase, DnaB-like, C-terminal (InterPro:IPR007694), Toprim domain (InterPro:IPR006171); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nucleic acid binding;nucleic acid binding (TAIR:AT1G30660.1); Has 1118 Blast hits to 1106 proteins in 217 species: Archae - 0; Bacteria - 270; Metazoa - 48; Fungi - 0; Plants - 77; Viruses - 127; Other Eukaryotes - 596 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10881665..10886060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80407.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 709 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRFLLRLPQI HFRKLSCSMS VLMGSKQFLE FCLLPSFASY PSSPSYSSSR QVSSVSRRFR PVLASRPVSK NSPYYQRTNG LSSYNSIPRV PTPVDTEVEA 101: DKRVVLSRLV TLRRKLAEQG VDAENCPPGQ HSGLICPTCE GGNSGEKSLS LFIAPDGSSA TWNCFRGKCG LKGGVRADGG LASADPIEKV ERKITVEGIE 201: LEPLCDEIQD YFAARAISRK TLERNRVMQK RIGDEIVIAF TYWQRGELVS CKYRSLTKMF FQERKTRRIL YGLDDIEKTS EVIIVEGEID KLAMEEAGFL 301: NCVSVPDGAP AKVSSKEIPS EDKDTKYKFL WNCNDYLKKA SRIVIATDGD GPGQAMAEEI ARRLGKERCW RVKWPKKSED EHFKDANEVL MSKGPHLLKE 401: AILDAEPYPI LGLFSFKDFF DEIDAYYDRT HGHEYGVSTG WKNLDNLYSV VPGELTVVTG IPNSGKSEWI DAMLCNLNHS VGWKFALCSM ENKVRDHARK 501: LLEKHIKKPF FDADYGRSVQ RMSVEEKDEG KKWLNDTFYP IRCEMDSLPS IDWVLERAKA AVLRYGIRGL VIDPYNELDH QRTPRQTETE YVSQMLTKIK 601: RFSQHHSCHV WFVAHPKQLQ HWDGGAPNLY DISGSAHFIN KCDNGIIVHR NRDENAGPLD LVQIGVRKVR NKVAGQIGDA YLCYDRTTGS YSDSPVTPGM 701: PERRSPKRY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)