AT1G06350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.874 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Fatty acid desaturase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Fatty acid desaturase family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water; INVOLVED IN: oxidation reduction, lipid metabolic process; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid desaturase, type 1, core (InterPro:IPR015876), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Fatty acid desaturase family protein (TAIR:AT1G06360.1); Has 3426 Blast hits to 3426 proteins in 822 species: Archae - 0; Bacteria - 1532; Metazoa - 799; Fungi - 234; Plants - 106; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 751 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1935510..1936789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35433.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 300 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCDPTRDDGS SRSRVVSTMQ KRAYFQRQWP LVDVVRASVV VIVHFLCLLA PFNFKWEALR FGLVLFALTT LSITFSFHRN LSHRSFKIPK WLEYPWAYSA 101: VFALQGDPMD WVSIHRFHHQ FTDSDRDPHS PKEGLLFSHI LWIFDTQYIK YKCGGRDNVL DLKKQWFYKF LRRTIAVHIL MFWTILYLYG GLPYLTCGGG 201: VGIFIGYHVT WLVNSACHIW GSRSWNTKDT SRNVWWLSLF TMGESWHNNH HAFESSARQG LEWWQIDITW YLIRLFEVLG IATDVKLPSE LQKQKMALVR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)