AT5G24140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.945 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : squalene monooxygenase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to squalene monoxygenases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
squalene monooxygenase 2 (SQP2); FUNCTIONS IN: squalene monooxygenase activity, oxidoreductase activity, FAD binding; INVOLVED IN: sterol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Squalene epoxidase (InterPro:IPR013698), FAD dependent oxidoreductase (InterPro:IPR006076); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein (TAIR:AT5G24150.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8164547..8167669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57030.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 516 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTYAWLWTLL AFVLTWMVFH LIKMKKAATG DLEAEAEARR DGATDVIIVG AGVAGASLAY ALAKDGRRVH VIERDLKEPQ RFMGELMQAG GRFMLAQLGL 101: EDCLEDIDAQ EAKSLAIYKD GKHATLPFPD DKSFPHEPVG RLLRNGRLVQ RLRQKAASLS NVQLEEGTVK SLIEEEGVVK GVTYKNSAGE EITAFAPLTV 201: VCDGCYSNLR RSLVDNTEEV LSYMVGYVTK NSRLEDPHSL HLIFSKPLVC VIYQITSDEV RCVAEVPADS IPSISNGEMS TFLKKSMAPQ IPETGNLREI 301: FLKGIEEGLP EIKSTATKSM SSRLCDKRGV IVLGDAFNMR HPIIASGMMV ALSDICILRN LLKPLPNLSN TKKVSDLVKS FYIIRKPMSA TVNTLASIFS 401: QVLVATTDEA REGMRQGCFN YLARGDFKTR GLMTILGGMN PHPLTLVLHL VAITLTSMGH LLSPFPSPRR FWHSLRILAW ALQMLGAHLV DEGFKEMLIP 501: TNAAAYRRNY IATTTV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)