AT5G24110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : WRKY DNA-binding protein 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of WRKY Transcription Factor; Group III | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WRKY DNA-binding protein 30 (WRKY30); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, regulation of transcription; EXPRESSED IN: stem, stamen; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY family transcription factor (TAIR:AT4G23810.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8153416..8154633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33987.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKNHSSGEW EKMKNEINEL MIEGRDYAHQ FGSASSQETR EHLAKKILQS YHKSLTIMNY SGELDQVSQG GGSPKSDDSD QEPLVIKSSK KSMPRWSSKV 101: RIAPGAGVDR TLDDGFSWRK YGQKDILGAK FPRGYYRCTY RKSQGCEATK QVQRSDENQM LLEISYRGIH SCSQAANVGT TMPIQNLEPN QTQEHGNLDM 201: VKESVDNYNH QAHLHHNLHY PLSSTPNLEN NNAYMLQMRD QNIEYFGSTS FSSDLGTSIN YNFPASGSAS HSASNSPSTV PLESPFESYD PNHPYGGFGG 301: FYS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)