AT5G05580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid desaturase 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a temperature sensitive plastidic fatty acid desaturase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid desaturase 8 (FAD8); FUNCTIONS IN: omega-3 fatty acid desaturase activity; INVOLVED IN: response to temperature stimulus, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3474 (InterPro:IPR021863), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid desaturase 7 (TAIR:AT3G11170.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1664331..1666345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50139.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 435 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSVLSECG FRPLPRFYPK HTTSFASNPK PTFKFNPPLK PPSSLLNSRY GFYSKTRNWA LNVATPLTTL QSPSEEDTER FDPGAPPPFN LADIRAAIPK 101: HCWVKNPWMS MSYVVRDVAI VFGLAAVAAY FNNWLLWPLY WFAQGTMFWA LFVLGHDCGH GSFSNDPRLN SVAGHLLHSS ILVPYHGWRI SHRTHHQNHG 201: HVENDESWHP LPESIYKNLE KTTQMFRFTL PFPMLAYPFY LWNRSPGKQG SHYHPDSDLF LPKEKKDVLT STACWTAMAA LLVCLNFVMG PIQMLKLYGI 301: PYWIFVMWLD FVTYLHHHGH EDKLPWYRGK EWSYLRGGLT TLDRDYGWIN NIHHDIGTHV IHHLFPQIPH YHLVEATEAA KPVLGKYYRE PKNSGPLPLH 401: LLGSLIKSMK QDHFVSDTGD VVYYEADPKL NGQRT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)