AT5G01560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lectin receptor kinase a4.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes LecRKA4.3, a member of the lectin receptor kinase subfamily A4 (LecRKA4.1 At5g01540; LecRKA4.2 At5g01550; LecRKA4.3 At5g01560). Together with other members of the subfamily, functions redundantly in the negative regulation of ABA response in seed germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lectin receptor kinase a4.3 (LECRKA4.3); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: abscisic acid mediated signaling pathway, seed germination; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Legume lectin, beta chain (InterPro:IPR001220), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lectin receptor kinase a4.1 (TAIR:AT5G01550.1); Has 124782 Blast hits to 123109 proteins in 4852 species: Archae - 131; Bacteria - 14218; Metazoa - 45637; Fungi - 10709; Plants - 35284; Viruses - 441; Other Eukaryotes - 18362 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:218170..220245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76739.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 691 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRAKSMVSL LLVLFLVRAH VATTETTTEF IFHGFKGNQS EIHMQGDSTI TSNGLLRLTD RNSDVVGTAF YHKPVRLLDS NSTNTTVRSF STSFIFIIPS 101: SSTSNGGFGF TFTLSPTPNR TDADPEQYMG LLNERNDGNS SNHVFAVEFD TVQGFKDGTN RIGNHIGLNF NSLSSDVQEP VAYFNNNDSQ KEEFQLVSGE 201: PIQVFLDYHG PTKTLNLTVY PTRLGYKPRI PLISREVPKL SDIVVDEMFV GFTAATGRHG QSSAHYVMGW SFASGGEHPL AAMLDISQLP PPPPNKAKKR 301: GYNGKVIALI VALSTVISIM LVLLFLFMMY KKRMQQEEIL EDWEIDHPHR FRYRDLYKAT EGFKENRVVG TGGFGIVYRG NIRSSSDQIA VKKITPNSMQ 401: GVREFVAEIE SLGRLRHKNL VNLQGWCKHR NDLLLIYDYI PNGSLDSLLY SKPRRSGAVL SWNARFQIAK GIASGLLYLH EEWEQIVIHR DVKPSNVLID 501: SDMNPRLGDF GLARLYERGS QSCTTVVVGT IGYMAPELAR NGNSSSASDV FAFGVLLLEI VSGRKPTDSG TFFIADWVME LQASGEILSA IDPRLGSGYD 601: EGEARLALAV GLLCCHHKPE SRPLMRMVLR YLNRDEDVPE IHDNWGYSDS SRTDLGSKLV GYISSDRASS SHSHTSSSLT RISSTSLISG R |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)