AT4G38320.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.519 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : heptahelical protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
heptahelical transmembrane protein HHP5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
heptahelical protein 5 (HHP5); FUNCTIONS IN: receptor activity; INVOLVED IN: response to hormone stimulus, response to sucrose stimulus; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Hly-III related (InterPro:IPR004254); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heptahelical protein 4 (TAIR:AT4G37680.2); Has 2557 Blast hits to 2136 proteins in 523 species: Archae - 0; Bacteria - 635; Metazoa - 1083; Fungi - 463; Plants - 198; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 178 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17949078..17950383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42788.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDEAEIKEH LKPQASSETI DKKHNVKGKR LWQKVKYQLV EFHSLPAYLR DNEYIIGHYR SEWPIKQILL SIFTIHNETL NVWTHLIGFF LFLALTIYTA 101: TKVPSVVDLH SLQHRLPDLL RKTDLHKLHS ELMSRLPSSP SSWHVMDLLY NCLPERFSHG NYTDMCVLHS VREDLANLIA PLIFRPITRW PFYAFLGGAI 201: FCLLASSTCH LLSCHSERVS YIMLRLDYAG IAALIATSFY PPVYYSFMCD PFFCNLYLGF ITILGIATVL VSLLPVFQSL EFRVVRASLF FGMGFSGLAP 301: ILHKLIIFWD QPEALHMTGY EILMGLLYGL GAVVYATRIP ERWMPGKFDI AGHSHQLFHV LVVAGALTHY RAGL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)