AT4G24670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.729 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tryptophan aminotransferase related 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to the TAA1 trytophan aminotransferase involved in IAA biosynthesis. Double mutant analyses suggest that this protein is involved in regulating many aspects of plant growth and development from embryogenesis to flower formation and plays a role in ethylene-mediated signaling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tryptophan aminotransferase related 2 (TAR2); FUNCTIONS IN: L-tryptophan:2-oxoglutarate aminotransferase activity, carbon-sulfur lyase activity, L-tryptophan:pyruvate aminotransferase activity; INVOLVED IN: in 12 processes; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421), Allinase, C-terminal (InterPro:IPR006948); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tryptophan aminotransferase related 1 (TAIR:AT1G23320.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12727940..12730694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50009.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 440 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGQIPRFLSW RNMLVLSLAI NFSLILKILK GDRERGDSWD RTAYVSIWPV VSTTASESSS LSSASCNYSK IEEDDDRIIN LKFGDPTVYE RYWQENGEVT 101: TMVIPGWQSL SYFSDENNLC WFLEPELAKE IVRVHKVVGN AVTQDRFIVV GTGSTQLYQA ALYALSPHDD SGPINVVSAT PYYSTYPLIT DCLKSGLYRW 201: GGDAKTYKED GPYIELVTSP NNPDGFLRES VVNSTEGILI HDLAYYWPQY TPITSPADHD VMLFTASKST GHAGIRIGWA LVKDRETARK MIEYIELNTI 301: GVSKDSQLRV AKVLKVVSDS CGNVTGKSFF DHSYDAMYER WKLLKQAAKD TKRFSVPDFV SQRCNFFGRV FEPQPAFAWF KCEEGIVDCE KFLREEKKIL 401: TKSGKYFGDE LSNVRISMLD RDTNFNIFLH RITSSFNSTL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)