AT3G47400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: hypocotyl, flower, root, carpel; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT5G51490.1); Has 3318 Blast hits to 3103 proteins in 411 species: Archae - 8; Bacteria - 807; Metazoa - 11; Fungi - 237; Plants - 1968; Viruses - 75; Other Eukaryotes - 212 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17465629..17467888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65490.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 594 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLRGIFHICL LASFLLLPFS SAVHDSGFTG GTDAPPPWDH NVSPPPETAP SPTPTSSPST TSPPSPGPVA APSPINNGSV SGDMTWWCNK TPHAETCNYY 101: FRKSSQNNIN LRPPRFRSEF LRMLVKVALD QAVITHSQTV KFGPSCTNNQ RKAAWSDCVN LFQNTVAQLN RTLKGLNPAA SSDVKCTDFD AQTWLSTAQT 201: NIETCRSGSE DLNVSDFVMP VISNKNLSDL IGNCLAVNGV LMKQHDHTTT ANHKEYFPSW VSRHERRLLV SASLAKSSPH LVVAQDRSGH FRSIQAAINF 301: AARRRFKSRF VIYVKKGVYR ENIDVGNDNH NIMLVGDGER KTIITSGRSV QHGYTTYNSA TGGFGGQRFV AKDMTFINTA GPLRGQAVAV RSSSDLSVFY 401: RVGIHGFQDT LYIHSQRQFF RECYISGTID FIFGNAAVVF QNCMILVRRP LHGQANIITA QGRGDPFQNT GITIHSSRII AASDLKPVIR AYKTYLGRPW 501: QAYSRVTIMK TYIDNSISPL GWSPWLRGSN FALNTVFYGE YKNFGPGSST RWRVRWKGFH AITSTAVASR FTVGSLIAGG SWLPATGVPF KSGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)