AT3G22900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Non-catalytic subunit specific to DNA-directed RNA polymerase IV; homologous to budding yeast RPB7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPD7; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: DNA-directed RNA polymerase IV complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), RNA polymerase Rpb7, N-terminal (InterPro:IPR005576); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain (TAIR:AT4G14660.1); Has 574 Blast hits to 574 proteins in 229 species: Archae - 66; Bacteria - 0; Metazoa - 137; Fungi - 175; Plants - 116; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 80 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8115645..8116169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19850.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 174 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFIKVKLPWD VTIPAEDMDT GLMLQRAIVI RLLEAFSKEK ATKDLGYLIT PTILENIGEG KIKEQTGEIQ FPVVFNGICF KMFKGEIVHG VVHKVHKTGV 101: FLKSGPYEII YLSHMKMPGY EFIPGENPFF MNQYMSRIQI GARVRFVVLD TEWREAEKDF MALASIDGDN LGPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)