AT3G22740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.743 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homocysteine S-methyltransferase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
homocysteine S-methyltransferase (HMT3) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homocysteine S-methyltransferase 3 (HMT3); FUNCTIONS IN: homocysteine S-methyltransferase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homocysteine S-methyltransferase (InterPro:IPR003726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homocysteine methyltransferase 2 (TAIR:AT3G63250.1); Has 6696 Blast hits to 6688 proteins in 1870 species: Archae - 4; Bacteria - 4184; Metazoa - 339; Fungi - 135; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1871 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:8033200..8035710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37883.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 347 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSFVKEETS SLMTDFLEKC GGYAVVDGGF ATELQRHGAD INDPLWSAKC LITSPHLVTK VHLDYLESGA NIIITASYQA TIQGFVAKGL SVGEAENLLR 101: RSVEITYEAR EIFYNRCTKG SWDFAYAGKA SRRPILVAAS VGSYGAYLAD GSEYSGIYGD SVSKETLKDF HRRRVQILAK SGADLIAFET IPNKLEAEAY 201: ADLLEEEDID IPAWFSFTSK DGVSVPRGDS VVECAKVADS CKNVVAIGIN CTAPRYIHAL IISLRQMTRK PIVVYPNSGE VYDGLNKKWI KSEGESEEDF 301: VSYVSKWRDA GASLFGGCCR TTPNTIRAIA KVLSDEPSAA SKPKFGQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)