AT3G07680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : emp24/gp25L/p24 family/GOLD family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
emp24/gp25L/p24 family/GOLD family protein; FUNCTIONS IN: protein transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, transport; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GOLD (InterPro:IPR009038), emp24/gp25L/p24 (InterPro:IPR000348); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: emp24/gp25L/p24 family/GOLD family protein (TAIR:AT3G22845.1); Has 859 Blast hits to 859 proteins in 182 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 431; Fungi - 210; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 71 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2455627..2456652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24332.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 208 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLKGTIVLL GLLWSFQATL GIRFVIDREE CFSHKAEYEG DTLHVSFVVI KSDSQWHFNE DGVDLVIHGP TGEQIHDFRE QISAKHDFVV QKKGVYRFCF 101: TNKSPYHETI DFDVQLGHFA YYDQHAKDEH FTPLMEQISK LEEALYNIQF EQHWLEAQTD RQAIVNENMS KRAVHKALFE SFALIGASFL QVYLLRRLFE 201: RKLGMSRV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)