AT3G04600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotidylyl transferase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nucleotidylyl transferase superfamily protein; FUNCTIONS IN: tryptophan-tRNA ligase activity, nucleotide binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: tRNA aminoacylation for protein translation, tryptophanyl-tRNA aminoacylation; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Tryptophanyl-tRNA synthetase, class Ib (InterPro:IPR002306), Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ib (InterPro:IPR002305); Has 2279 Blast hits to 2207 proteins in 761 species: Archae - 485; Bacteria - 802; Metazoa - 304; Fungi - 268; Plants - 65; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 350 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1243152..1245958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45756.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 402 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVDKKDERE AESSEQVVNP WEVSAKDGGK IDYDKLIDKF GCQRLDESLI DRVQRLTSRQ PHVFLRRSVF FAHRDFNEIL DAYERGDKFY LYTGRGPSSE 101: ALHLGHLIPF MFTKYLQEAF KVPLVIQLTD DEKSIWKNLS VEESQRLARE NAKDIIACGF DVTKTFIFSD FDYVGGAFYK NMVKVGKCVT LNKAMGIFGF 201: SGEDPIAKLS FPPVQAVPSF PSSFPHLFPG KDNLRCLIPC AIDQDPYFRM TRDVAPRLGY SKPALIESTF FPALQGENGK MSASDPNSAI YVTDSAKDIK 301: NKINRYAFSG GQDSIEKHRE LGANLEVDIP VKYLSFFLED DSELEHIKKE YGEGRMLTGE VKKRLTEVLT EIVERHRRAR AAVTDEMVDA FMAVRPLPSM 401: FE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)