AT2G29525.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.859 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arabidopsis Inositol phosphorylceramide synthase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Inositol phosphorylceramide synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Arabidopsis Inositol phosphorylceramide synthase 3 (AtIPCS3); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Arabidopsis Inositol phosphorylceramide synthase 1 (TAIR:AT3G54020.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12638533..12640661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32982.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPVYVDREAP KLWRRIYSEA TLEASLLAEK WKLVLAGLVF QYIHGLAAHG VHYLHRPGPT LQDAGFFILP ALGQDKAFFS ETVFVTIFGS FILWTFHPFV 101: SHSKKICTVL IWCRVFVYLA ASQSLRIITF FATQLPGPNY HCREGSKLAK IPPPKNVLEV LLINFPDGVI YGCGDLIFSS HTIFTLVFVR TYQRYGTRRW 201: IKHLAWLMAV IQSILIIASR KHYTVDIVVA WYTVNLVMFY VDSKLPEMAE RSSGPSPTPL LPLSTKDSKN KSKEDHQRLL NENNVADDH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)