AT2G22140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : essential meiotic endonuclease 1B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Forms a complex with MUS81 that functions as endonuclease in DNA recombination and repair processes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
essential meiotic endonuclease 1B (EME1B); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ERCC4 domain (InterPro:IPR006166); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: essential meiotic endonuclease 1A (TAIR:AT2G21800.1); Has 542 Blast hits to 486 proteins in 142 species: Archae - 0; Bacteria - 42; Metazoa - 170; Fungi - 104; Plants - 48; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 178 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9414895..9418584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62196.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 551 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDHILISDG EDQTTPLPSL SKRARKYPIS AILISDSDPT PQKQPPESSF TPIFVPETPL SDDFSVVKCS FGSRALASNR EDKFSGKRII SLDSEFEDSP 101: RPETSKKNES VLAGLREPRF GLEAETSEAY YKNTRIPETN LDDDTSWMHE VSFRSSPTND TIEVVSDQEK EDISVEKIGR KKKIRTTTLP VPGEALPKKR 201: QSKEDKTSAM EEKKLRKEQE RLEKAASKAE EAERKRLEKE KKKWEKGKLA LKSIVAEIDT KVLEGSIGGL LLSRFSEKGI TIHVGPNPIE RSIVWTMTIP 301: EDIAPLFPQG PKIPYLLLVY DAEEFCNLVA NGKFLEIISR VQDRYPSYTV CCLTNKLMSY VKKREKEEYK NPGNWRRPPI DEVLAKLTTH YVKVHSRHCV 401: DEAEVAEHIV GLTSSLASCQ FRKKLTMLSV SANGALVSKD SVDKHLIKKS PWLKALVAIP KVQPRYALAV WKKYPSMKSL LKVYMDRNKS VHEKEFLLKD 501: LKVEGLVGGD IRLGEICSKR IYRVLMSHDG AIKTDDVENG AAFFTDSPGV N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)