AT2G17420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NADPH-dependent thioredoxin reductase A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
NADPH-dependent thioredoxin reductase, major cytosolic isoform | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NADPH-dependent thioredoxin reductase A (NTRA); FUNCTIONS IN: thioredoxin-disulfide reductase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: cytosol, mitochondrial matrix; EXPRESSED IN: male gametophyte, guard cell, cultured cell, pollen tube, leaf; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, seedling growth, seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site (InterPro:IPR008255), FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase (InterPro:IPR013027), Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II (InterPro:IPR000103), Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region (InterPro:IPR001327), Thioredoxin reductase (InterPro:IPR005982); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NADPH-dependent thioredoxin reductase B (TAIR:AT4G35460.1); Has 20135 Blast hits to 20133 proteins in 2901 species: Archae - 588; Bacteria - 13597; Metazoa - 140; Fungi - 273; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5374 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7564357..7566219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40016.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQSRFIIKS LFSTAGGFLL GSALSNPPSL ATAFSSSSSS SSAAAAVDME THKTKVCIVG SGPAAHTAAI YASRAELKPL LFEGWMANDI APGGQLTTTT 101: DVENFPGFPE GILGIDIVEK FRKQSERFGT TIFTETVNKV DFSSKPFKLF TDSRTVLADS VIISTGAVAK RLSFTGSGEG NGGFWNRGIS ACAVCDGAAP 201: IFRNKPLVVI GGGDSAMEEA NFLTKYGSKV YIIHRRDTFR ASKIMQQRAL SNPKIEVIWN SAVVEAYGDE NGRVLGGLKV KNVVTGDVSD LKVSGLFFAI 301: GHEPATKFLD GQLELDEDGY VVTKPGTTKT SVVGVFAAGD VQDKKYRQAI TAAGTGCMAA LDAEHYLQEI GSQEGKSD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)