AT1G74700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tRNAse Z1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with RNAse Z activity suggesting a role in tRNA processing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tRNAse Z1 (TRZ1); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein (TAIR:AT2G04530.1); Has 2024 Blast hits to 2024 proteins in 946 species: Archae - 244; Bacteria - 1574; Metazoa - 35; Fungi - 17; Plants - 82; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 72 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28065345..28067130 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31334.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 280 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKKKAMQIE GYPIEGLSIG GHETCIIFPS LRIAFDIGRC PHRAISQDFL FISHSHMDHI GGLPMYVATR GLYKMKPPTI IVPASIKETV ESLFEVHRKL 101: DSSELKHNLV GLDIGEEFII RKDLKVKAFK TFHVIQSQGY VVYSTKYKLK KEYIGLSGNE IKNLKVSGVE ITDSIITPEV AFTGDTTSDF VVDETNADAL 201: KAKVLVMEST FLDDSVSVEH ARDYGHIHIS EIVNHAEKFE NKAILLIHFS ARYTVKEIED AVSALPPPLE GRVFALTQGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)