AT1G72930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.979 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : toll/interleukin-1 receptor-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Toll/interleukin-1 receptor-like protein (TIR) mRNA, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
toll/interleukin-1 receptor-like (TIR); FUNCTIONS IN: transmembrane receptor activity; INVOLVED IN: signal transduction, defense response, innate immune response; LOCATED IN: intrinsic to membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Toll-Interleukin receptor (InterPro:IPR000157); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Toll-Interleukin-Resistance (TIR) domain-containing protein (TAIR:AT1G72910.1); Has 1768 Blast hits to 1683 proteins in 89 species: Archae - 0; Bacteria - 94; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1674; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27439476..27440147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20246.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 176 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSHTATKYD VFLSFRGHDT RHNFISFLYK ELVRRSIRTF KDDKELENGQ RFSPELKSPI EVSRFAVVVV SENYAASSWC LDELVTIMDF EKKGSITVMP 101: IFYGVEPNHV RWQTGVLAEQ FKKHASREDP EKVLKWRQAL TNFAQLSGDC SGDDDSKLVD KIANEISNKK TIYATI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)