AT1G58440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.791 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative protein that has been speculated, based on sequence similarities, to have squalene monooxygenase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
XF1; FUNCTIONS IN: squalene monooxygenase activity; INVOLVED IN: response to water deprivation, sterol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Squalene epoxidase (InterPro:IPR013698); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: squalene epoxidase 2 (TAIR:AT2G22830.1); Has 1994 Blast hits to 1990 proteins in 731 species: Archae - 43; Bacteria - 1249; Metazoa - 112; Fungi - 225; Plants - 178; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 187 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21714094..21717246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58177.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 531 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESQLWNWIL PLLISSLLIS FVAFYGFFVK PKRNGLRHDR KTVSTVTSDV GSVNITGDTV ADVIVVGAGV AGSALAYTLG KDKRRVHVIE RDLSEPDRIV 101: GELLQPGGYL KLLELGIEDC VEEIDAQRVY GYALFKNGKR IRLAYPLEKF HEDVSGRSFH NGRFIQRMRE KAASLPNVQL EQGTVLSLLE ENGTIKGVRY 201: KNKAGEEQTA FAALTIVCDG CFSNLRRSLC NPQVEVPSCF VGLVLENCNL PYANHGHVVL ADPSPILMYP ISSTEVRCLV DVPGQKVPSI ANGEMKNYLK 301: TVVAPQMPHE VYDSFIAAVD KGNIKSMPNR SMPASPYPTP GALLMGDAFN MRHPLTGGGM TVALADIVVL RNLLRPLRDL SDGASLCKYL ESFYTLRKPV 401: AATINTLANA LYQVFCSSEN EARNEMREAC FDYLGLGGMC TSGPVSLLSG LNPRPLTLVC HFFAVAVYGV IRLLIPFPSP KRIWLGAKLI SGASGIIFPI 501: IKAEGVRQMF FPATVPAYYY KAPTVGETKC S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)