AT1G32360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger (CCCH-type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger (CCCH-type) family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein (TAIR:AT2G35430.1); Has 13421 Blast hits to 5509 proteins in 634 species: Archae - 13; Bacteria - 2784; Metazoa - 4906; Fungi - 574; Plants - 3348; Viruses - 263; Other Eukaryotes - 1533 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11673325..11675162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40708.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 384 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSHHRRDSGG DVVHVIPTNN PPPDNWFPNL GDSAVWATED DYNRAWAMNP DNTSGDNNGP PNKKTRGSPS SSSATTTSAA SNRTKAIGKM FFKTKLCCKF 101: RAGTCPYITN CNFAHTVEEL RRPPPNWQEI VAAHEEERSG GMGTPTVSVV EIPREEFQIP SLVSSTAESG RSFKGRHCKK FYTEEGCPYG ESCTFLHDEA 201: SRNRESVAIS LGPGGYGSGG GGGSGGGSVG GGGSSSNVVV LGGGGGSGSG SGIQILKPSN WKTRICNKWE ITGYCPFGAK CHFAHGAAEL HRFGGGLVEE 301: EGKDGVSPNP DTKQTVQNPK GLSDTTTLLS PGVPHNADAS YHTGVALQRA SSAVTQKPGI RTHQKWKGPA KISRIYGDWI DDIE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)