AT1G23200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT2G45220.1); Has 3098 Blast hits to 3048 proteins in 474 species: Archae - 14; Bacteria - 863; Metazoa - 1; Fungi - 203; Plants - 1990; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8227236..8229400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61273.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 554 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDHKILLTPP KSLYTKCIIT IIYVVSISHL NAHFITSCKQ TPYPSVCDHH MSNSPLKTLD DQTDGFTFHD LVVSSTMDQA VQLHRLVSSL KQHHSLHKHA 101: TSALFDCLEL YEDTIDQLNH SRRSYGQYSS PHDRQTSLSA AIANQDTCRN GFRDFKLTSS YSKYFPVQFH RNLTKSISNS LAVTKAAAEA EAVAEKYPST 201: GFTKFSKQRS SAGGGSHRRL LLFSDEKFPS WFPLSDRKLL EDSKTTAKAD LVVAKDGSGH YTSIQQAVNA AAKLPRRNQR LVIYVKAGVY RENVVIKKSI 301: KNVMVIGDGI DSTIVTGNRN VQDGTTTFRS ATFAVSGNGF IAQGITFENT AGPEKHQAVA LRSSSDFSVF YACSFKGYQD TLYLHSSRQF LRNCNIYGTV 401: DFIFGDATAI LQNCNIYARK PMSGQKNTIT AQSRKEPDET TGFVIQSSTV ATASETYLGR PWRSHSRTVF MKCNLGALVS PAGWLPWSGS FALSTLYYGE 501: YGNTGAGASV SGRVKWPGYH VIKTVTEAEK FTVENFLDGN YWITATGVPV NDGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)