AT1G13870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.337 plasma membrane 0.323 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calmodulin binding;purine nucleotide binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homolog of the yeast TOT4/KTI12 protein. Yeast TOT4/KTI12 associates with Elongator, a multisubunit complex that binds the RNA polymerase II transcription elongation complex. Ds insertion mutant has enlarged shoot apical region, 4 to 6 long slender leaves followed by spike-like structures, short roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEFORMED ROOTS AND LEAVES 1 (DRL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chromatin associated protein KTI12 (InterPro:IPR013641); Has 345 Blast hits to 340 proteins in 174 species: Archae - 7; Bacteria - 2; Metazoa - 117; Fungi - 134; Plants - 50; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4747437..4748345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34065.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 302 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALVVICGQP CSGKSIAAVT LAETLKESET KQSVRIIDEA SFHLDRNQNY ANMPAEKNLR GKLRSDVDRS VSTGEIVIVD SLNSIKGYRY ELWCIARAAG 101: IRYCVVYCDV DEAHCRQWNK ERSDRGEDGY DDGIFEDLVR RFEKPERRNR WDSPLFELYP SREVIDKSSP VILEAVTYLT KTVDSKTQDV RILQPSIATQ 201: AARFSEANSL YELDRATQEI INAIVEQQSL GAAISRVTLG NELPPIEICR PIGLPELRRL RRTFVKLMGQ SSLSGPPLPT DADSAKRRFV DYLNREFGGN 301: NA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)