AT1G11780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.983 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase family protein (TAIR:AT5G01780.2); Has 1304 Blast hits to 1304 proteins in 617 species: Archae - 0; Bacteria - 928; Metazoa - 100; Fungi - 94; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 102 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3977614..3979177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39022.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 345 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYESANVSDD ADRTAFRRAE KKYKLYYEQD SKFSRKKKLP KPIDLSELLD FNLISQNFNN DGVLPDGIRV SKVDSSPVFC IDNRPGFYFI PDALSLKEQC 101: KWIKESLTSF PQPPNRTNHN AIYGPIDDLF DSAKENKVLV QDDLTNNKWK FYEEVDIEKA TRSSCKSVSA SVLLRKLRWS TLGLQFDWSK RNYDVSLPHN 201: NIPDALCQLA KTHAAIAMPD GEEFRPEGAI VNYFGIGDTL GGHLDDMEAD WSKPIVSMSL GCKAIFLLGG KSKDDPPHAM YLRSGDVVLM AGEARECFHG 301: IPRIFTGEEN ADIGALESEL SHESGHFFAE YIKTSRININ IRQVF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)