AT5G43860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chlorophyllase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chlorophyllase, the first enzyme in chlorophyll degradation. It catalyzes the hydrolysis of the ester bond to chlorophyllide and phytol. AtCLH2 has a typical signal sequence for the chloroplast. Gene expression does not respond to methyljasmonate, a known promoter of senescence and chlorophyll degradation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chlorophyllase 2 (CLH2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chlorophyllase-like (InterPro:IPR010821), Chlorophyllase, chloroplast (InterPro:IPR017395); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chlorophyllase 1 (TAIR:AT1G19670.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17630492..17632184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34905.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 318 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSSSRNAF EDGKYKSNLL TLDSSSRCCK ITPSSRASPS PPKQLLVATP VEEGDYPVVM LLHGYLLYNS FYSQLMLHVS SHGFILIAPQ LYSIAGPDTM 101: DEIKSTAEIM DWLSVGLNHF LPAQVTPNLS KFALSGHSRG GKTAFAVALK KFGYSSNLKI STLIGIDPVD GTGKGKQTPP PVLAYLPNSF DLDKTPILVI 201: GSGLGETARN PLFPPCAPPG VNHREFFREC QGPAWHFVAK DYGHLDMLDD DTKGIRGKSS YCLCKNGEER RPMRRFVGGL VVSFLKAYLE GDDRELVKIK 301: DGCHEDVPVE IQEFEVIM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)